A sede da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia está localizada no Parque Estação Biológica, em Brasília, e possui uma área total construída superior a 35.000 m2. Nesse local estão localizadas a área administrativa, o campo experimental com 3,1 hectares e 46 casas de vegetação e telados; 45 laboratórios, o Banco Genético e o prédio da Quarentena Vegetal.

Além da área do Parque Estação Biológica, a Unidade também conta com o Campo Experimental Sucupira. O espaço possui uma área de 1.800 hectares e área construída de mais de 2.000 metros quadrados com estrutura de alojamentos, laboratórios, centro de treinamento. A Fazenda Sucupira também abriga animais do Banco Brasileiro de Germoplasma Animal, do Rebanho Experimental e de alguns bancos de espécies florestais nativas e exóticas.