O Laboratório de Espectrometria de Massa (LEM) dedica-se a projetos de prospecção de moléculas presentes na biodiversidade brasileira e outras que venham a ser de interesse para a instituição. Tem como ferramentas principais para executar a sua missão:

• Cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) uni e multidimensional;
• ressonância plasmônica de superfície (SPR);
• seqüenciamento de proteínas e peptídeos;
• síntese de peptídeos; polarografia/voltametria, GC/MS, LC/ESI/MS/MS, LC/MALDI/TOF-TOF/MS;
• imagem por espectrometria de massa (MALDI- Imaging) e
• microscopia de força atômica.