O  Laboratório de Microscopia é multiusuário com infraestrutura que auxilia  vários projetos de pesquisa  em  microscopia ótica, microscopia eletrônica de varredura e transmissão, confocal e microscopia de dissecção a laser. Realiza análises em apoio a diversos projetos de pesquisa da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia e parceiros.

O Laboratório tem capacidade para processar amostras vegetais, animais, de microorganismos e de nanopartículas. Entre as diversas linhas de pesquisa apoiadas atualmente pelo Laboratório de Bioimagem, destacam-se:

• Análise Morfológica para subsidiar a taxonomia de vírus, nematóides, insetos, fungos, anatomia vegetal;
• Análise de alterações celulares e histológicas na interação hospedeiro-patógeno e;
• Localização de proteínas e nanopartículas utilizando imunomarcadores e fluorescência.