O sistema de produção de sementes para o tomate de mesa ou para a indústria segue as mesmas exigências e tratos culturais, porém todo o cuidado deve ser tomado para evitar qualquer tipo de dano à semente. A diferença se estabelece quanto aos híbridos ou cultivares indicados para uma ou outra finalidade.

Para a obtenção das sementes o fruto deve ser colhido maduro e manualmente. Após a colheita estes frutos são deixados em repouso e depois esmagados para a extração das sementes e então remoção da mucilagem que envolve a semente, ambos os processos poderão ser mecânicos ou manuais. As sementes são separadas e lavadas e passam por pré-secagem. Daí para frente, a utilização do emprego de substâncias químicas ou não, depende da empresa processadora.