A Corregedoria é uma Unidade Central (UC), especializada e  específica, integrante do nível tático de gestão, vinculada ao Diretor-Executivo de Governança e Informação, e sujeita à orientação normativa e supervisão  técnica da Controladoria-Geral da União (CGU), órgão central do Sistema de  Corregedorias do Poder Executivo Federal (SisCor), por intermédio da  Corregedoria-Geral da União (CRG).

A Corregedoria tem como objetivo a gestão e a execução dos processos organizacionais e das atividades relacionadas à atividade correcional de prevenção e apuração de irregularidades praticadas por agentes públicos ou privados no âmbito da Embrapa, não se confundindo com as atividades de auditoria, jurídica, fiscalização e recuperação de valores do erário.

A missão da Corregedoria é assegurar e proteger o valor organizacional, gerando maior segurança e menor risco na realização de ações relacionadas à atividade correcional na Embrapa.