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Large scale protein function prediction tools. Autoria: MINARDI, R. C. de M.; ARTIGUENAVE, F.; NESHICH, G. In this project we intend to reinforce a recent collaboration established between two French and Brazilian bioinformatics laboratories for the development of a structural genomics approach to function... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2009
Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Autoria: BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G. ABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistic... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Binding affinity prediction using a nonparametric regression model based on physicochemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. Autoria: BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; NESHICH, G. We propose a new empirical scoring function for binding affinity prediction modeled based on physicochemical and structural descriptors that characterize the nano-environment that encompass both ligan... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2016
Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. Autoria: BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. In order to improve binding affinity prediction, we developed a new scoring function, named STINGSF, derived from physical-chemical and structural features that describe the protein-ligand interaction... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2015
The Diamond Sting server. Autoria: NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2005
Prediction of binding hot spot residues by using structural and evolutionary parameters. Autoria: HIGA, R. H.; TOZZI, C. L. In this work, we present a method for predicting hot spot residues by using a set of structural and evolutionary parameters. Unlike previous studies, we use a set of parameters which do not depend on... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2009
The Diamond STING Server. Autoria: NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2005
Plant Co-expression Annotation Tool: a tool to identify targets for proof of concept in Genetically Modified crop breeding pipelines. Autoria: VIANA, M. J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; MUDADU, M. de A. The purpose of this work is to characterize PUFs to be used in GM crops pipelines using orthology, co-expression networks and other tools. To date, we have downloaded, analyzed, and processed genomic... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2019
Effects of estradiol-17Beta on ovarian function and preganancy in Nelore cows. Autoria: MACHADO, R.; BERGAMASCHI, M. A. C. M.; BARBOSA, R. T.; OLIVIEIRA, C. A.; BINELLI, M. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2008
Dissecting protein domain variability in the core rna interference machinery of five insect orders. Autoria: ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D; VASQUEZ, D. D. N.; MELO, B. P.; FAHEEM, M.; MACEDO, L. L. P. de; MORGANTE, C. V.; BARBOSA, J. A. R. G.; TOGAWA, R. C.; MOREIRA, V. J. V.; DANCHIN, E. G. J.; SA, M. F. G. de RNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2021

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