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Development of a pipeline for CNV detection and analysis using data from SNP arrays. Autoria: PEREIRA, F. C. de P.; HERAI, R. H.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. de A.; GIACHETTO, P. F. The objective of this study was to develop a bioinformatics pipeline for CNV identification and analysis from data generated by high density SNP chips genotyping from Illumina platform, which has been... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2012
Java Merging Copy Number Variants (JM-CNV): a new algorithm for identifying Copy Number Variant Regions (CNVR). Autoria: SILVA, J. M. da; ROMANIUC, A. R.; CAETANO, A. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B. CNVs (Copy Number Variations) are defined as copy number variations of DNA fragments typically larger than one kilobase (Kb), but less than five megabases (Mb). They represent a genomic disequilibrium... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2015
CNV: uma ferramenta promissora para aplicação em programas de melhoramento genético de bovinos. Autoria: SIQUEIRA, F.; GIACHETTO, P. F. Variações no número de cópias de regiões específicas do DNA, ou simplesmente CNVs (Copy Number Variations), constituem um tipo de marcador molecular que é encontrado com frequência nos genomas de mamí... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2019
CNV study in Nelore with PennCNV software: the control files. Autoria: SILVA, V. H.; REGITANO, L. C. de A.; GIACHETTO, P. F.; PERTILLE, F.; COUTINHO, L. L. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2013
Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. Autoria: SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Background: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the on... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2016
Genome-wide detection of CNVs and their association with meat tenderness in Nelore cattle. Autoria: SILVA, V. H. da; REGITANO, L. C. de A.; GEISTLINGER, L.; PÉRTILLE, F.; GIACHETTO, P. F.; BRASSALOTI, R. A.; MOROSINI, N. S.; ZIMMER, R.; COUTINHO, L. L. Brazil is one of the largest beef producers and exporters in the world with the Nelore breed representing the vast majority of Brazilian cattle (Bos taurus indicus). Despite the great adaptability of... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2016
CNVRanger: association analysis of CNVs with geneexpression and quantitative phenotypes. Autoria: SILVA, V. da; RAMOS, M.; GROENEN, M.; CROOIJMANS, R.; JOHANSSON, A.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L.; ZIMMER, R.; WALDRON, L.; GEISTLINGER, L. Copy number variation (CNV) is a major type of structural genomic variation that is increasingly studied acrossdifferent species for association with diseases and production traits. Established protoc... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2020
Genome-wide detection of CNVs and their association with performance traits in broilers. Autoria: FERNANDES, A. C.; SILVA, V. H. da; GOES, C. P.; MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.; REZENDE, F. M. de; COUTINHO, L. L. Abstract Background: Copy number variations (CNVs) are a major type of structural genomic variants that underlie genetic architecture and phenotypic variation of complex traits, not only in humans, bu... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2021
A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. Autoria: SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L. This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, thro... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2013
Copy number variation discovery in canchim cattle using data from SNP genotyping arrays. Autoria: GONÇALVES, A. R.; PEREIRA, F. C. de P.; REGITANO, L. C. de A.; GIACHETTO, P. F. Data from cattle genotyping using SNP arrays for genome-wide association studies, is widely available at Embrapa. The objective os this study was to use an open source tool, CNstream, for CNV identifi... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2012

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