Coexpression and transcriptome analyses identify active apomixis-related genes in Paspalum notatum leaves.
Coexpression and transcriptome analyses identify active apomixis-related genes in Paspalum notatum leaves.
Autoria: OLIVEIRA, F. A. de; VIGNA, B. B. Z.; SILVA, C. C. da; FAVERO, A. P.; MATTA, F. de P.; AZEVEDO, A. L. S.; SOUZA, A. P. de
Resumo: RNA sequencing (RNA-seq) is the most effective method for simultaneously predicting new transcripts and identifying differentially expressed genes among distinct tissues, genotypes, abiotic conditions and developmental stages [1]. Conversely, considering the large amount of data generated from RNA-seq, new approaches that efficiently extract meaningful associations from highly multivariate datasets are needed [2]. Transcriptome coexpression studies can show how complex phenotypes depend on the activity of coordinated batteries of genes [3]. Therefore, the construction of coexpression networks based on gene expression data using correlation metrics provides valuable information regarding alterations in biological systems in response to differential gene expression patterns [2, 4].
Ano de publicação: 2020
Tipo de publicação: Artigo de periódico
Unidade: Embrapa Pecuária Sudeste
Palavras-chave: Apomixis, Differential expression, Gene coexpression network, Paspalum, RNA sequencing
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